Makna Logo :
- Bingkai Segi Lima: mempunyai makna segala sendi sikap, perilaku, pemikiran, dan perasasaan berazas Pancasila
- Bunga mekar: mempunyai makna keharuman, kebaikan,
- Bunga tumbuh warna merah: mempunyai makna pertumbuhan, hidup, serta mahkota berjumlah 5, merupakan tanggal lahir SMAN 3 Bantul
- Sayap, mempunyai makna kecepatan belajar, berpikir, bertindak, mencapai cita, dan keberhasilan, serta jumlah sayap berjumlah 9, merupakan bulan lahir SMAN 3 Bantul, bulan September.
- Tulisan Manunggaling Kusuma Ambuka Sujanma, mempunyai makna menyatunya kebaikankebaikan yang akan menumbuhkembangkan menjadi orang baik, serta merupakan tahun berdirinya SMAN 3 Bantul, yakni 1991, (Tanggal Lahir SMAN 3 Bantul : 5 September 1991),
- Pena, mempunyai makna sumber ilmu pengetahuan dan teknologi yang akan menciptakan maha karya dunia,
- Pita Tulisan SMAN 3 Bantul, mempunyai makna identitas sekolah yang berada di Kabupaten Bantul DIY yang fleksibel, terus berubah sesuai perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, serta perkembangan zaman.
Makna Filosofi Logo SMAN 3 Bantul :
Menyatunya kebaikan kebaikan civitas akademika melalui kesetiaan, ketenangan, kejujuran, kesantunan, kreatifitas, semangat, keteguhan, keberanian dan pantang menyerah dalam upaya percepatan pencapaian cita-cita, yakni bertumbuhnya orang baik, berbudi luhur, berhasil, dan berazas Pancasila.
bagi yang ingin mengunduh logo SMAN 3 Bantul dapat diunduh melalui link berikut